遺伝子の名前から脳内の発現分布まで。おすすめデータベースまとめ

　論文で知らない遺伝子が出てきたらどうやって調べますか？僕がよく使う（使ってた）データベースを遺伝子の名前から脳内の発現分布までまとめておきますね。

○使用例

1. 遺伝子の名前をEntrez cross-database searchに入れて、「Gene>Other Designations」で目的の遺伝子かどうか確認する。「Official Symbol」欄をメモして、以降これを検索に使う。
2. iHOPに入れておおざっぱな役割を調べる。
3. Googleデスクトップで手持ちの論文との関連を確認する。
4. PubMedに入れて知見を調べる。
5. もっと見たかったらGoogle Scholorで調べ直す。
6. 発現分布が気になったらAllen Brain Atlas: Developing Mouse Brain、Allen Brain Atlas: Mouse Brainをセットで見る。

以下データベースのまとめ。

○論文にあたる。

• NCBI PubMed
  • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
  • 猫も杓子もとりあえずPubMed。
  • Tips:基本的に新しい方から逆順に並んでいるので、初めて〜した論文を探すときは「Last」のページから見た方が早い。

• Google Scholor
  • http://scholar.google.co.jp/
  • 中身も全文検索するのでPubMedよりもたくさんの論文がヒットします。
  • Tips:実績のある抗体を調べたいときには、「anti-なんとか immunohistochemistry」で検索すればたくさん出てきますよ。

○基本の横断検索。

• Entrez cross-database search
  • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
  • PubMedやGensatなどを含むNCBIのデータベースを一度に検索。
  • 知らない遺伝子が出てきたらとりあえずこれ。
  • Tips:「Gene」の「Other Designations」欄は遺伝子の別名を調べるときに便利。

• EMBL UniProt
  • http://www.ebi.ac.uk/uniprot/
  • EMBLの検索ポータル
  • Ensemblを含む複数のデータベースを一気に検索
  • NCBIと違う結果を含むことがあるので、並列で使用。
  • 「The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) is Europe's flagship laboratory for basic research in molecular biology.」

○タンパク質の機能を概観する。

• iHOP
  • http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/
  • 論文データベースのテキストマイニングによって、これまでに知られているタンパク質の機能をまとめるプロジェクト。
  • 詳しくはA Gene Network for Navigating the Literature, Nature Genetics 36, 664 (2004).参照。

○遺伝子の発現パターンから機能を類推する。

• gene paint
  • http://www.genepaint.org/
  • mRNA発現＠胎生期のマウス脳。
  • Advanced searchを選択すると動く。
  • E14.5中心

• Allen Brain Atlas: Developing Mouse Brain
  • http://developingmouse.brain-map.org/
  • mRNA発現＠胎生期〜幼若期のマウス脳。
  • E11.5からP60くらいまで
  • 充実してる。

• Allen Brain Atlas: Mouse Brain
  • http://mouse.brain-map.org/
  • mRNA発現＠成体のマウス脳。
  • とてもきれい。

• Gensat
  • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gensat
  • bacterial artificial chromosomes (BACs)を使った遺伝子発現マップ＠胎生期〜幼若期のマウス脳。
  • 方法などは"A gene expression atlas of the central nervous system based on bacterial artificial chromosomes", Nature. 2003 Oct 30;425(6961):917-25参照。

○遺伝子のゲノム上の位置を知りたかったら。

• Ensembl
  • http://uswest.ensembl.org/
  • ゲノム情報データベース
  • NCBIより見やすいと思う。

○シーケンサで読んだ配列をデータベースと比較する。

• NCBI BLAST
  • http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
  • 塩基配列をゲノム情報データベースとマッチングする。

○さらに知りたいときには。

• ゲノム解析ツール　リンク集
  • http://www-btls.jst.go.jp/Links/
  • もっとマニアックなゲノム解析はこちらのリンクから。
  • とても充実してます。

• 神経生物学グループお役立ちリンク集
  • http://www.biol.s.u-tokyo.ac.jp/users/naibunpi/Abe/link.html
  • 電気生理、カルシウムイメージングに関する大量のお役立ち情報があります。
  • おすすめ。

ほなまた
大学院入学希望者向けの研究室情報。名大環研神経系1（視覚神経科学）

あれどこだったっけ？っていう神経科学者におすすめ。Googleデスクトップ
PubMed をmy文献リストとして使う方法